Gian Pietro Carafa había fundado, con Gaetano di Thiene, la orden de los Teatinos, y Adriano VI lo había escogido para colaborar en la reforma universal de la Iglesia, interrumpida por la muerte prematura del pontífice de Utrecht. Al cardenal Carafa en particular se debía sobre todo la institución del Santo Oficio de la inquisición romana. La bula Licet ab initio del 21 de julio de 1542, con la que Pablo III, acogiendo la sugerencia de Carafa, había instituido dicho organismo, era una declaración de guerra a la herejía. Guerra que quería continuar hasta extirpar todo error, y quería concluirla en nombre de la paz religiosa.
A la muerte de Julio III, en el cónclave de 1555, los partidos se enfrentaron nuevamente y el 23 de mayo de 1555 el cardenal Gian Pietro Carafa fue elegido Papa, superando por un pelo al cardenal Morone. Contaba ya con setenta y nueve años, y tomó el nombre de Pablo IV. Fue un pontífice inflexible cuyo principal empeño fue combatir la herejía y efectuar una auténtica reforma de la Iglesia.
Combatió la simonía, impuso a los obispos la obligación de residir en la propia diócesis, restableció la disciplina monástica, imprimió un vigoroso impulso al Tribunal de la Inquisición e instituyó el Índice de libros prohibidos. Su brazo derecho era un humilde fraile dominico, Michele Ghislieri, al cual nombró obispo de Nepi y Sutri (1556), cardenal (1557) y gran inquisidor vitalicio (1558), abriéndole con ello el camino al pontificado.
El 1 de junio de 1557, Pablo IV comunicó a los cardenales que había ordenado el encarcalamiento del cardenal Morone por sospecha de herejía. Asimismo, había encargado a la Inquisición la apertura de un proceso, las conclusiones del cual presentó al Sacro Colegio. Pablo IV dirigió la misma acusación al cardenal Pole, que se encontraba en Inglaterra y fue destituido de su cargo de legado. El cardinal Morone fue recluido en el Castel Sant’Angelo y no se lo puso en libertad hasta agosto de 1559, cuando la víspera de su condena, la muerte del Papa le permitió recobrar la libertad y participar en el subsiguiente cónclave.
En marzo de 1559, pocos meses después de su muerte, Paolo IV publicó la bula Cum ex apostolatus officio, en la que abordó el problema de la posibilidad de que un pontífice incurra en herejía (cfr. Bullarium diplomatum et privilegiorum sanctorum romanorum pontificum, S. e H. Dalmezzo, Augustae Taurinorum, 1860, VI, pp. 551-556). En dicha bula se lee: «que el mismo romano pontífice, que como Vicario de Dios y de Nuestro Señor Jesucristo tiene la plana potestad en la tierra, y a todos juzga y no puede ser juzgado por nadie, si fuese encontrado desviado de la Fe, podría ser acusado», y «si en algún tiempo aconteciese que (…) que antes de su promoción al cardenalato o asunción al pontificado se hubiese desviado de la fe católica, o hubiese caído en herejía, o incurrido en cisma, o lo hubiese suscitado, incluso si ésta hubiera ocurrido con el acuerdo unánime de todos los cardenales, la promoción o la asunción es nula, inválida y sin ningún efecto».
Esta bula replantea casi al pie de la letra el principio canónico medieval según el cual el Papa no puede ser reprendido ni juzgado por nadie, «nisi deprehandatur a fide devius», a no ser que se desvíe de la fe (Ivo di Chartres, Decretales, V, cap. 23, coll. 329-330). Se discute si la bula de Pablo IV es una decisión dogmática o un acto disciplinario; si todavía está en vigor o quedó implícitamente abrogada por el Código de 1917; si se aplica al papa que incurre en herejía antes o después de su elección, etc., etc., etc. No entramos en esos debates. Cum ex apostolatus officio sigue siendo un documento pontificio que goza de autoridad y confirma la posibilidad de que un papa sea hereje, aunque no da la menor indicación sobre la manera concreta en que perdería el pontificado.
Como sucesor de Pablo IV, el 25 de diciembre de 1559 fue elegido un papa político, Pío IV (Giovanni Angelo Medici di Marignano, 1499-1565). El 6 de enero de 1560, el nuevo pontífice decretó la anulación del proceso contra Morone, restableciéndolo en su cargo, y se opuso duramente al cardenal Ghislieri, a quien consideraba un fanático inquisidor. El Inquisitor maior et perpetuus fue privado de los poderes excepcionales que le había conferido Pablo IV y transferido a la diócesis secundaria de Mondovì.
Pero el 7 de enero de 1566, tras la muerte de Pío IV, Michele Ghislieri fue inesperadamente creado papa y tomó el nombre de Pío V. Su pontificado se situó en plena continuidad con el de Pablo IV y reemprendió la actividad inquisitorial. El cardenal Morone, que a petición de Pablo III había iniciado como legado pontificio, el Concilio de Trento y por orden de Pío IV había dirigido las últimas sesiones, obtuvo la suspensión de su condena.
La historia de la Iglesia, aun en los momentos de más duros desencuentros internos, es más compleja de lo que muchos podrían creer. El Concilio de Trento, que es un monumento a la fe católica, fue inaugurado y más tarde concluido por un personaje gravemente sospechoso de luteranismo. Cuando falleció en 1580, Giovanni Morone fue inhumado en Santa Maria della Minerva (hoy en día no se sabe dónde está enterrado), la misma basílica en la que Pío V quiso erigir un mausoleo a su acusador, cuyo proceso de canonización incoó: el campeón de la ortodoxia Gian Pietro Carafa, papa Pablo IV.
